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Modifications du protéome des fibroblastes et des cellules endothéliales lors de l'incubation avec des corps denses sous-viraux du cytomégalovirus humain

May 19, 2024

Données scientifiques volume 10, Numéro d'article : 517 (2023) Citer cet article

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Le cytomégalovirus humain (HCMV) est un agent pathogène de grande importance médicale. Les corps denses sous-viraux (DB) ont été développés comme candidat vaccin pour atténuer les graves conséquences de l'infection par le HCMV. Le développement d’un tel candidat vaccin destiné à une application humaine nécessite une connaissance détaillée de son interaction avec l’hôte. Une analyse complète basée sur la spectrométrie de masse (MS) a été réalisée concernant les modifications du protéome des cellules de culture cellulaire exposées à la DB.

Le cytomégalovirus humain (HCMV) est un β-herpèsvirus et la première cause d'infections congénitales dans le monde, entraînant de nombreuses séquelles telles qu'une perte auditive, des déficits visuels ou des troubles cognitifs1. Dans le contexte d’une immunosuppression systémique, l’infection par le HCMV peut entraîner une morbidité et une mortalité importantes1. Les fibroblastes infectés par le HCMV libèrent de grandes quantités de particules non infectieuses, appelées corps denses, dans le surnageant de culture cellulaire2,3. Les analyses par spectrométrie de masse des DB isolés ont contribué à l'élucidation de leur composition protéique et ont révélé la présence d'antigènes importants de la réponse immunitaire adaptative contre le HCMV4,5. Parallèlement, des expériences in vitro et des études animales ont montré que les DB sont particulièrement immunogènes et induisent une réponse robuste à l'interféron (IFN)6,7,8,9,10,11. Par conséquent, les DB ont été considérés comme un vaccin prometteur contre le HCMV12,13. En ce qui concerne l’application humaine d’un vaccin candidat dans le cadre d’essais cliniques et pour l’homologation finale, une connaissance approfondie de l’impact du vaccin sur les cellules hôtes est importante pour évaluer les effets indésirables potentiels et la tolérabilité. Des ensembles de données sur l'impact de la DB sur la culture des fibroblastes et des cellules endothéliales ont été générés par spectrométrie de masse (MS). Ces ensembles de données ont été utilisés dans une publication précédente axée sur l'étude de la réponse à l'interféron-β et l'induction de l'expression du gène stimulé par l'interféron (ISG) dans les fibroblastes et les cellules endothéliales lors d'une exposition à la DB11.

Les fibroblastes primaires du prépuce humain (HFF) ont été créés à partir du prépuce d'un nouveau-né en 1994 et ont été utilisés pour la recherche dans le passé6,7,14,15,16. L'approbation de l'utilisation de ces cellules pour les études a été obtenue auprès du comité d'éthique du conseil médical de Rhénanie-Palatinat, en Allemagne. Les HFF ont été maintenus dans un milieu essentiel minimal (MEM ; Gibco-BRL, Glasgow, Écosse) additionné de 5 % de sérum de veau fœtal (SVF), 100 mg/l de L-glutamine, 0,5 ng/ml de facteur de croissance basique des fibroblastes (bFGF, Invitrogen, Karlsruhe, Allemagne) et gentamicine (5 mg/l). Pour les expériences, des nombres de passages de cellules HFF compris entre 16 et 19 ont été utilisés. Les cellules HEC-LTT ont été créées par Dagmar Wirth et ses collègues17. Les cellules provenaient de cellules endothéliales de la veine ombilicale humaine (HUVEC) qui ont été immortalisées de manière conditionnelle avec l'expression dépendante de la tétracycline de l'antigène grand T SV40 et de la transcriptase inverse de la télomérase humaine (hTERT). Pour la culture, les récipients de culture ont été recouverts de gélatine à 0,1 % (Sigma-Aldrich, Saint Louis, MO) pendant au moins 30 minutes. Les cellules HEC-LTT ont été maintenues dans un milieu de croissance endothélial (EGM BulletKit ; Lonza Sales Ltd., Bâle, Suisse) complété par 2 µg/mL de doxycycline (Sigma-Aldrich, Saint Louis, MO). La prolifération des cellules HEC-LTT peut être contrôlée par la doxycycline (DOX). L’ajout de DOX active l’expression des protéines immortalisantes hTERT et de l’antigène grand T SV40, entraînant une prolifération cellulaire. La doxycycline a été omise pendant toutes les expériences. L'autorisation d'utiliser des cellules HEC-LTT à des fins de recherche a été accordée via un accord de transfert de matériel conclu par le Centre Helmholtz pour la recherche sur les infections (HZI). Il a été démontré que les cellules sont permissives à l’infection par le HCMV18. Les HEC-LTT nous ont été aimablement envoyés par Christian Sinzger (Institut de virologie, Centre médical universitaire d'Ulm, Ulm, Allemagne) et utilisés pour les expériences du passage 41 au passage 55.

1.0-fold with p-value < 0.05 (green dots), and 35 proteins that were decreased by < − 1.0-fold with p-value < 0.05, (red dots). The HCMV tegument protein pp65 (UL83) is highlighted in orange and its detection was used as a positive control, indicating DB internalisation into HFF. The volcano plot was generated using the R software. (b + c) Protein-Protein Interaction (PPI) analysis and functional classification of the regulated proteins in HFF after DB-stimulation. (b) Display of the STRING PPI network generated upon entering the 68 regulated proteins into the STRING database. The network nodes represent all the proteins produced by a single protein-coding gene locus. Nodes are coloured according to their function in the indicated biological processes in c. Grey nodes indicate proteins connected to the input proteins but without association with the biological processes. Connections reflect protein interaction and the line thickness indicates strength of the data support, using a high confidence cut-off with a score of 0.7. Proteins with no interaction to other proteins in the network were removed. (c) Bar chart of the biological processes, connected to the proteins that were found to be regulated in HFF after DB-stimulation. The arrangement was performed according to increasing False Discovery Rates (FDR). The y-axis represents biological process categories, while the x-axis indicates the number of genes involved in each category. (d) Heatmap of the 45 altered ISGs. The expression patterns were arranged hierarchically based on the mean of the log2 converted normalized ratio from 5 biological replicates. The log2FC is represented with a colour gradient. IFN, Interferon; ISG, Interferon-stimulated gene; STRING, Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes./p> 1.0; p < 0.05). Blue dots indicate differentially expressed proteins that were significantly upregulated (fold change < 1.0; p < 0.05). The viral tegument protein pp65 (UL83) is highlighted in orange and was used as a control for DB internalisation into ECs. The volcano plot was generated using the R software. (b) STRING Protein-Protein Interaction network of the 83 proteins that were differentially expressed in ECs upon DB treatment. Proteins with no associations to other proteins in the network were removed. Network nodes represent all the proteins produced by a single, protein-coding gene locus. Lines depict protein interaction and the line thickness indicates the strength of the data support with a minimum confidence cut-off of 0.7 (high confidence). (c) Bar chart of the enriched biological processes associated with differentially expressed proteins. The top ten enriched biological processes are arranged according to increasing False Discovery Rates (FDR). The y-axis represents biological process categories, while the x-axis indicates the number of genes involved in each category. (d) 60 differentially regulated proteins were designated as IRGs. The log2FC is represented with a colour gradient. The 20 up-regulated ISGs are indicated in blue and the 40 down-regulated ISGs are indicated in red. STRING, Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes./p>